El muestreo de frutos es un método de detección que complementa al trampeo ya que permite detectar la presencia de larvas de moscas de la fruta, se debe realizar de una manera coordinada para la toma de decisiones en los programas de control o erradicación. El muestreo debe efectuarse tomando en cuenta todos los frutos hospedantes de moscas de la fruta presentes en la zona de trabajo durante todo el año y bajo cualquier condición ecológica. La base fundamental de cualquier programa exitoso de muestreo de frutos es conocer la vegetación local, biología y hábitos de las moscas de la fruta. Disponer de datos acerca de la fenología de los hospedantes primarios y secundarios (cultivados y silvestres); o por lo menos la época de floración y fructificación de cada especie, así como las características morfológicas de los estados inmaduros para su correcta aplicación.
Uno de los objetivos del muestreo es orientar o dirigir el control mecánico de frutos hacia la especie reportada infestada, además de dirigir las actividades de control biológico. En la etapa de dispersión de moscas estériles, esta actividad tiene mayor importancia, ya que es el método más seguro para determinar la presencia de la plaga, debido a la posibilidad de error en la identificación por la captura de cientos ó miles de moscas estériles.
